Η Ζώνη αναφέρεται ως αποικία της Σαμοθράκης. Η πόλη έφτασε σε μεγάλη ακμή τον 5ο και 4ο π.Χ. αιώνα. Κατά την Μακεδονική και αργότερα Ρωμαϊκή κυριαρχία, με τη δημιουργία χερσαίων δρόμων, η πόλη αρχίζει να παρακμάζει.
Η Μεσημβρία – Ζώνη είναι μία από τις αποικίες της Σαμοθράκης που ιδρύθηκαν στα νοτιοανατολικά παράλια της Θράκης, ανάμεσα στη Μαρώνεια και την Αλεξανδρούπολη, στα τέλη του 7ου αιώνα π.Χ. Η διπλή ονομασία οφείλεται στο ότι όταν ξεκίνησαν οι ανασκαφές, η θέση ήταν ευρύτερα γνωστή ως Μεσημβρία. Τα τελευταία ανασκαφικά δεδομένα, όμως, οδηγούν στο συμπέρασμα ότι πρόκειται μάλλον για τη Ζώνη.
Η ανασκαφή άρχισε το 1966 και συνεχίζεται μέχρι σήμερα.
Τα σημαντικότερα μνημεία και αρχιτεκτονικά σύνολα του αρχαιολογικού χώρου είναι:
Ιερό Δήμητρας
Ιερό Απόλλωνος
Κτιριακό συγκρότημα
Η μοναδική πύλη στα δυτικά του τείχους της πόλης
Τμήμα του δυτικού τείχους
Τμήμα του δυτικού τείχους