Το ενυδρείο της Καστοριάς αποτελεί ένα από τα νεότερα στολίδια της πόλης, πρόκειται για ένα καινοτόμο και όμορφο ενυδρείο , που φιλοξενεί ψάρια και λοιπούς οργανισμούς του γλυκού νερού της Ελλάδας, αυτόχθονα, ενδημικά και ξένα.
Είναι το μεγαλύτερο ενυδρείο στα Βαλκάνια, και έχει γίνει τα τελευταία χρόνια σημαντικός πόλος έλξης των επισκεπτών της πόλης, μαθητικών εκδρομών, και ταξιδιωτών.
Τα περισσότερα ψάρια που θα δείτε μέσα στο ενυδρείο είναι αυτά που ζούνε εδώ και χρόνια στα εσωτερικά ύδατα της Ελλάδας, αλλά υπάρχει και μεγάλος αριθμός ξενικών ειδών που διαβιούν στις λίμνες και στα ποτάμια της χώρας μας.
Το ενυδρείο αποτελείται από 49 δεξαμενές χωρητικότητας από 1 έως 1,6 κυβικά μέτρα, υπάρχει μία όμορφη προσομοίωση της λίμνης της Καστοριάς και μία προσομοίωση του ποταμού Αλιάκμονα.
Η κάθε δεξαμενή είναι ένα ξεχωριστό κύκλωμα, με μηχανικά φίλτρα και μηχανισμούς οξυγόνωσης του νερού. Φιλοξενούνται 38 είδη ψαριών γλυκού νερού, και διάφοροι άλλοι οργανισμοί, όπως οι νεροχελώνες, οι καραβίδες και οι τρίτωνες. Σε κάθε δεξαμενή υπάρχει επεξηγηματική πινακίδα με τα χαρακτηριστικά του κάθε οργανισμού, την βιολογία του και τις συνήθειές του. Σε μεγάλες ποσότητες συναντώνται οι κυπρίνοι, οι τούρνες, οι πλατίκες, οι πέρκες, και οι γουλιανοί, που είναι τα καθαυτό ενδημικά ψάρια της λίμνης της Καστοριάς.
Ο κύριος όγκος ψαριών του ενυδρείου αλιεύθηκε με τη βοήθεια ντόπιων επαγγελματιών και ερασιτεχνών αλιέων. Τα ενδημικά είδη αλιεύθηκαν με την καθοριστική βοήθεια του Ινστιτούτου Εσωτερικών Υδάτων του ΕΛΚΕΘΕ, με επιστημονική μεθοδολογία και τρόπους.
Ο σκοπός που δημιουργήθηκε το ενυδρείο «Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος», είναι να προσφέρει ένα μοναδικό θέαμα για μικρούς και μεγάλους, αποτελώντας ταυτόχρονα μια όαση γνώσης σχετικά με τα ζητήματα των ψαριών του γλυκού νερού, αλλά και των λιμναίων και ποτάμιων οικοσυστημάτων στα οποία διαβιούν.